تطور عدد المخطوطات في مكتبة دير مار يوحنا الخنشارة منذ تأسيس المكتبة في بداية القرن 18 وتزايد بالشراء وبالهبات، أو بتأليف ونسخ من قبل الرهبان الشويريين. إضافة إلى النواة الأولى التي تكونت من المخطوطات التي جلبها معهم الرهبان المؤسسون أو اشتراها الخوري نقولا الصائغ، أوقف الشماس عبدالله الزاخر مكتبته الخاصة إلى دير مار يوحنا قبل وفاته ببضعة أشهر سنة 1748.

الجدير ذكره أن دور عبدالله الزاخر كان فاعلا في تنمية مكتبة دير مار يوحنا، إلى جانب المخطوطات التي أهداها للدير وبعضها من تأليفه أو من نسخه، فقد أوصى أيضا بمجموعة الكتب الصادرة عن مطبعته والتي لا تقل أهمية لكونها أولى الكتب المطبوعة بالحرف العربي في لبنان. أما مؤلفاته المخطوطة فجلها ديني الطابع وهي تزيد عن الأربعين، أقدمها يعود إلى سنة 1714 وهو يضم ثلاثة أفاشين توسلات إلى الثالوث الأقدس قبل تناول القربان، وإفشين شكر إلى السيد المسيح بعد التناول. أما آخر تأليفه فمؤلفان كتبهما سنة وفاته 1748،

الأول: كتاب جدلي “ضد الروم” حول منع الإشتراك في القدسيات، وهو مسودة جواب لأبناء الرعية الملكيين الكاثوليك في الشوير المحتجين على منعهم الإشتراك في الجنازات مع إخوتهم الروم. وقد وضع الزاخر هذه المسودة لصالح مطران بيروت الملكي أثناسيوس دهان (1736-1761). والثاني لم يتمكن الزاخر من إنجازه كاملاً قبل وفاته، وعنوانه: “شرح الأصول المنطقية على الرسالة الأبهرية”، وهو كتاب يشرح فيه إيساغوجي “أثير الدين الأبهري”. ولكن وافاه الأجل في 30 أب 1748 قبل إتمامه، فأكمله من بعده تلميذه الأب يواكيم مطران.

إن إنشاء عبدالله الزاخر مطبعته في دير الخنشارة ساعد الرهبان على إغناء مكتبتهم بالمخطوطات، وذلك من ربع الكتب المطبوعة التي كان يتم تسويتها في لبنان وخارجه. تدل دفاتر حسابات الرهبانية الشويرية أن الرهبانية كانت تؤمن للزاخر كل ما يحتاجه من مواد أولية للطباعة: ورق، كرتون، جلد، حبر، مقابل تقاسم مداخيل بيع الكتب. وتشير هذه الدفاتر أنه كان للرهبانية وكلاء تجاريون في الشام وحلب وحمص وعكا ويافا ومصر، كانوا يبيعون كتب المطبعة في هذه المراكز ويشترون بالمقابل مخطوطات لمكتبة دير مار يوحنا، وبخاصة من مصر، كما ذكر الرحالة ثولناي على لسان الرهبان أنفسهم. والمخطوطات التي اشتراها الرهبان من مصر يدور معظمها حول الإسلاميات وعلم الفلك والأدب.

إلى جانب مصدر الشراء، اغتنت المكتبة بالمخطوطات التي كان يملكها بعض الرهبان الشويريين الذين برعوا في ميدان التأليف واقتنوا المخطوطات الثمينة فأهدوا مكتبتهم الخاصة لدير مار يوحنا. أمثال يواكيم مطران، حنانيا المنير وفيليبس صوايا. كما أن المكتبة اغتنت بما وهبها من مخطوطات وكتب بعض المطارنة الذين كانوا قبل رسامتهم ينتمون إلى الرهبانية الشويرية.

تلقت المكتبة أيضا هبات من بعض العلمانيين وأبرزهم: السيد جبران نحاس الذي أهدى مكتبته الثمينة إلى دير مار يوحنا في أواخر القرن التاسع عشر. والمعروف أن هذه المكتبة كانت تحوي بعض المخطوطات والكتب التي كانت تخص الشيخ ناصيف اليازجي الذي أقام في دير القديس أنطونيوس القرقفة كفرشيما، التابع للرهبانية الشويرية وعلم في مدرسته.

عندما تفرعت الرهبانية الشويرية إلى فرعين حلبي وشويري، سنة 1829، جرى تقاسم الأديار والأرزاق بين الرهبان الحلبيين والشويريين. إحتفظ الرهبان الشويريون بدير مار يوحنا الخنشارة وبمطبعة عبدالله الزاخر الموجودة فيه. لكن لم تسلم من القسمة مكتبة الدير إذ كان من نصيب الرهبان الحلبيين عددا من المخطوطات المهمة بعضها نادر الوجود، نقلوها معهم إلى مكتبة دير الشير الذي أصبح مقر رئاستهم العامة، قد تم نقلها مؤخرا إلى دير المخلص (صربا). وقد أشار إلى ذلك المطران ميشال أبرص في مقالته عن مكتبة دير الشير فقال: “تعتبر مكتبة الشير حتى أيامنا هذه جزءا من مكتبة الرهبانية الشويرية الموجودة حاليا في مكتبة القديس يوحنا  الصابغ “.